Il 26 novembre 1946, Karol s’iscrive al biennium ad lauream del Pontificium Institutum Angelicum de Urbe, il seminario domenicano di Roma. Al momento dell’iscrizione, lo studente Wojtyla riceve il numero di matricola C-905. Nel giugno 1948 consegue brillantemente un dottorato in Teologia Spirituale, con una tesi sul tema della fede nelle opere del mistico spagnolo San Giovanni della Croce e, tornato in patria, assume per la prima volta un incarico pastorale come vicario di Niegowic, una minuscola parrocchia di campagna. Passa un anno e l’arcivescovo decide di trasferirlo nella vecchia e storica parrocchia di San Floriano, in Cracovia, dove Don Wojtyla resta per due anni come vice-parroco (1949-1951). A quel punto torna ad immergersi negli studi: nel 1953, ottiene un dottorato in filosofia presso l’Università Cattolica di Lublino discutendo una tesi dal titolo “Studio sulla possibilità di fondare una morale cattolica basata sul sistema etico di Max Scheler“.
Divenuto docente di Teologia Morale ed Etica nel seminario maggiore di Cracovia e presso la Facoltà di Teologia dell’Università di Lublino, il 4 luglio 1958 è nominato vescovo titolare di Ombi e ausiliare di Cracovia da Pio XII – riceve la notizia mentre è in campeggio con i ragazzi dell’oratorio – e quindi è consacrato nella Cattedrale del Wawel il 28 settembre per l’imposizione delle mani e la preghiera consacratoria dell’arcivescovo Eugeniusz Baziak. All’età di 38 anni è il più giovane vescovo della Polonia, ma non smetterà di studiare ed insegnare, pur sotto la pressione di sempre nuovi impegni pastorali nella sua diocesi di Cracovia, di cui è diventato frattanto Vicario Generale.
Nominato arcivescovo e Metropolita di Cracovia il 13 gennaio 1964 e cardinale nel Concistoro del 26 giugno 1967 da Papa Paolo VI – Wojtyla ha 47 anni ed è il cardinale più giovane della Chiesa -, partecipa al concilio Vaticano II (1962-1965) con un contributo importante nell’elaborazione della costituzione “Gaudium et spes” e tra il 1967 e il 1977 rappresenta il suo paese in 5 sinodi vescovili internazionali.